Le seigneur Lothar rallia les restes de l'armée d'Azeroth après leur défaite au fort de Stormwind, et lança ensuite une exode massive par la mer vers le royaume septentrional de Lordaeron. Convaincus que la Horde submergerait toute l'humanité si elle était laissée tranquille, les chefs des sept nation se rencontrèrent et décidèrent de s'unir dans ce qui serait connus sous le nom de : L'Alliance de Lordaeron. Pour la première fois depuis presque trois milles ans, les nations dispersées d'Arathor étaient à nouveaux unies sous une bannière commune. Nommé commandant suprême de l'Alliance, le seigneur Lothar préparait son armée pour l'arrivée de la Horde.
Aidé par ses lieutenants, Uther Lightbringer, l'amiral Dealin Proudmoore et Turalyon, Lothar fut capable de convaincre de la menace imminente les autres races semi-humaine de Lordaeron. L'alliance réussit à obtenir le soutiens des Stoïques nains d'Ironforge et d'un petit nombre de Haut-elfes de Quel'Thalas. Les elfes, menés en ce temps par Anasterian Sunstrider, étaient en larges parties inintéréssés par le conflit qui semblait se dessiner. Cependant, ils étaient suffisamment respectueux de leurs devoirs pour aider Lothar car il était le dernier descendant de la lignée de Arathi, qui les avaient aidés dans les anciens temps.
La Horde, maintenant dirigé par le chef de guerre Orgrim Doomhammer, incorpora des ogres de son monde natifs, Draenor et enrôla également les de la forêt d'Amani. Préparant une campagne massive pour submerger le royaume nain de Khaz Modan et la frontière sud de Lordaeron, la Horde décima toute opposition sans effort.
Les batailles épiques de la seconde guerre comprirent aussi bien des escarmouches de navires géant que de massifs combat aérien. Par quelque moyens, la Horde avait déterré un puissant artefact connus sous le nom de "âme du démon" et l'avait utilisé pour réduire en esclavage la reine des dragons Alexstrasza. Menaçant de détruire ses précieux oeufs, la Horde forçat Alexstrasza à envoyer ses enfants adultes à la guerre. Les noble dragons rouges furent forcés à combattre pour la Horde, et ils combattirent.
La guerre fit rage sur les continents de Khaz Modan, Lordaeron et Azeroth lui-même. En tant que partie de sa campagne au nord, la Horde réussit à brûler les terres frontalière de Quel'Thalas, assurant ainsi l'engagement des Elfes au coté de l'alliance. Les plus grandes cités et villes de Lordaeron furent rasée et détruites par le conflit. En dépit de l'absence de renfort et de l'écrasante puissance de l'ennemi, Lothar et ses alliés réussirent à tenir leurs ennemis à distance.
Cependant, durant les dernier jours de la seconde guerre, alors que la victoire de la horde sur l'Alliance semblait presque assuré, une querelle éclata entre les deux plus puissants orcs d'Azeroth. Alors que Doomhammer préparait son assaut final sur la cité capitale de Lordaeron, un assaut qui aurait détruit les derniers restes de l'Alliance, Gul'dan et ses suivant abandonnèrent leurs postes et allèrent vers la mer. Doomhammer étant abasourdi par la perte de presque la moitié de ses forces a cause de la trahison de Gul'dan, fut forcé de se retirer et de laisser passer sa plus grande chance de victoire sur l'Alliance.
Gul'dan, assoiffé de pouvoir, se lança dans une recherche désespérée de la tombe sous marine de Sargeras qu'il croyait détenir le secret du pouvoir ultime. ayant déjà condamné ses camarades orcs à devenir des esclaves de la légion ardente, Gul'dan ne pensa même pas à son supposé devoir envers Doomhammer. Soutenus par les clans Stormreaver et Twilight's Hammer, il réussit à faire émerger la Tombe de Sargeras de la mer. Cependant quand il ouvrit l'ancien monument inondé, il trouva seulement des démon fous qui l'attendaient.
Cherchant à punir les orcs renégat pour leur coûteuse trahison, Doomhammer envoya ses forces tuer Gul'dan et ramener les renégat au bercail. Gul'dan fut déchiré par les démon qu'il avait libéré a cause de son insouciance. Avec leur chef mort, les clans renégats tombèrent rapidement devant les légions enragé de Doomhammer. Malgré que la rébellion fut étouffé, la Horde fut incapable de récupérer des terribles pertes qu'elle avait soufferte. La trahison de Gul'dan donna à l'alliance non seulement de l'espoir mais aussi le temps de se regrouper et de riposter.
Le seigneur Lothar, voyant que la Horde se fracturait de l'intérieur, rassembla ses dernière forces et repoussa Doomhammer vers le sud, vers le centre dévasté de Stormwind. Là l'alliance piégea la horde en retraite dans la forteresse volcanique de Blackrock Spire. Malgré que le seigneur Lothar tomba dans la bataille à la base du pic, Turyalon rallia les forces de l'alliance à la onzième heure et repoussa les orcs vers les abyssaux Swamp of sorrows. Les forces de Turalyon réussirent à détruire le portail noir, le passage mystique qui reliait les orcs à leur monde originel : Draenor. Coupée de ses renfort et affaiblit par la lassitude, la Horde se déroba et tomba devant la puissance de l'alliance.
Les clans orcs dispersés furent rapidement encerclé et placés dans des camps d'internement gardés. bien qu'il semblait que la Horde avait été vaincu pour de bon, certain restaient très septique que la paix durerais. Khadgar, qui était maintenant un archimages d'une certaine renommée, convaincu le haut-commandement de l'alliance de construire la forteresse de Nethergarde qui surveillerait les ruines du portail noir et assurerait qu'il n'y aurait aucune invasion future venant de Draenor.